反抗历史的沉默，探索神的沉默。
一九九六年九月二十九日，一生为天主服务、奉献的远藤周作先生离开人世，回到主的身旁，家人遵奉遗言把《沉默》和《深河》放入棺中陪伴远藤；这代表了远藤对其文学创作的评价与总结。其实，这两本书除了他自认为是自己的代表作之外，它们同时还被公认为是二十世纪日本文学的代表作。
《深河》是远藤生前最后的著作，获得极高的评价。《沉默》则发表于一九六九年，是探讨远藤文学的最重要作品之一，评价极高，荣获第二届谷崎润一郎奖，其中探讨基督宗教在东方社会扎根时面临的问题，包含东西方文化的差异等等。之所以取名为「沉默」，理由有二：(一)反抗历史的沉默；(二)探索神的沉默。
故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎附近的小村子，一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本传教，并调查恩师因遭受「穴吊」而宣誓弃教一事，因为这事在当时欧洲人的眼中，不只是个人的挫折，同时也是整个欧洲信仰、思想的耻辱和失败。在传教与寻访的过程中，信仰与反叛、圣洁与背德、强权与卑微、受难与恐惧、坚贞与隐忍、挣扎与超脱……所有的两难情境都面临了，逼迫着他对基督的信仰进行更深层且更现实的思索，最终，他彷佛也走过一趟恩师的心路历程，拥有自己对信仰的诠释与实践。
在近代日本文学中居承先启后地位的远藤周作，一生获奖无数，著作等身，曾获芥川奖、新潮社文学奖、每日出版文学奖、谷崎润一郎奖、野间文学奖等，一九九五年更荣获日本文化勋章。
本书为日本近代文学大家远藤周作之另一巨着，荣获第二届谷崎润一郎奖，与《深河》同时被公认为是二十世纪日本文学的代表作。其中探讨基督宗教在东方社会扎根时面临的问题，包含东西方文化的差异等等。之所以取名为「沉默」，理由有二：(一)反抗历史沉默；(二)探索神的沉默。
前言
有一份报告送到罗马教会，内容中指出：由葡萄牙的耶稣会派往日本的费雷拉•克利斯多芬教父在长崎遭受到「穴吊」式的拷刑，已宣誓弃教。这位教父在日本居住了三十三年之久，身居教区长之最高职位，是统率司祭与信徒的长老。
这位教父神学造诣之深，堪称稀世之才。在德川幕府禁教令下仍潜伏于京都、大阪一带传教不辍。他在信中经常表现出坚定不移的信念，因此无论遭遇到任何情况，大家都不相信他会背叛教会。在教会中或耶稣会里，也有很多人认为那份报告可能是出自异教徒的荷兰人或日本人捏造的；也可能是误传的。
从传教士来信中，罗马教会对在日本传教的种种困难当然非常了解。自从一五八七年之后，日本的诸侯丰臣秀吉改变以往的政策，开始迫害天主教。他首先在长崎的西□将二十六名司祭和信徒处以焚刑，还把各地许多的天主教徒驱出家门，施以拷打、残杀。德川将军对这政策采取萧规曹随，于一六一四年决定将所有天主教的神职人员驱逐出境。
根据传教士们的报告，这一年的十月六日和七日两天，包括日本人在内的七十几名司祭被迫在九州岛和木钵集合之后，押上开往澳门、马尼拉的五艘帆船，驱逐出境。那是个下雨的日子，灰色的海上波涛汹涌；在雨中，船从海湾穿向海角，消失于水平线的彼方。尽管日本政府已颁布了严厉的驱逐令，其实还有三十七位司祭，不忍心舍弃信徒，化明为暗仍潜伏在日本并未离去；费雷拉教父就是其中之一。他不断写信把陆续被捕、被处死的司祭和信徒的情形向上司报告。他在一六三二年三月二十二日从长崎寄给巡察师安特列•巴尔美洛神父的信函，现在都还保留着呢！信上对当时的情形有详细的说明：我在前一封信中已向您报告本地天主教的情形，现在继续向您报告后来发生的事。所有的威胁和压迫方式都跟以往不同。就让我先从一六二九年之后，五名因信仰问题而被捕的修道者身上所发生的事开始谈起吧！那五人即巴尔特洛美•古奇耶列斯、方济•德•赫斯、比仙提•德•安东尼欧等三位奥古斯汀会士，和我们耶稣会的石田安东欧修士，还有方济会的卡布列耶鲁•德•圣•马答列纳神父。长崎奉行(译注：江户幕府置于长崎之执政官，负监察对荷兰、对中国贸易之责，亦执行市政。)竹中采女强迫他们弃教，并藉此嘲弄我们神圣的教义和衪的仆人，挫信徒们的勇气。不过，采女很快就了解到光是语言改变不了神父们的决心，因此，他决定改弦易辙利用云仙地狱的热水来「侍候」他们。
采女下令：将五名司祭带到云仙，用热水「拷问」他们，直到他们放弃自己的信仰为止；但绝不能杀掉他们。除了这五人之外，安东尼欧•达•西鲁之妻贝亚特丽吉•达•柯丝达和其女儿玛利亚，也因为采女长时间劝她们弃教都相应不理，亦被一并处理。
十二月三日，他们从长崎出发前往云仙。两名女性坐轿，五名神父骑马，和聚人分别。
来到距离不过一reguwa的日见港时，手就被绑起来，连脚也被扣上脚镣。上了船之后，一个个被分开紧紧地绑在船舷旁边。
傍晚，他们抵达云仙山麓的小滨海港。翌日，上山之后，七个人分别被关进小屋里，手铐脚镣日夜不离身，还有护卫严密监视着。尽管采女的部下人数众多，代官(译注：日本江户时代，诸藩直辖地负责行政的官吏)仍然派遣警吏严加戒备。在通往山上的各条路上，均派人监视，除非有官方的通行证，否则一律不准通行。
第三天进行拷问：首先把七个人单独带到池边，强迫他们看着滚烫的热水溅起的泡沫，希望他们在尝受到皮肉之苦以前，能放弃天主教的信仰。由于天寒地冻，滚烫的池水更是摄人魂魄；要不是有神的护佑，光是看这情景就足以令人昏厥。但是，因为所有的人都有神的支持，勇气倍增，嚷着快拷问吧！我们绝不放弃自己的信仰。官吏们听到这坚决的回答，马上命令他们脱掉衣服，用绳子绑住他们的手脚，然后用半加仑容量的杓子掏热水淋在他们身上——那还不是一口气全部倒下去，而是在杓子底下钻了几个洞，让热水慢慢流下，使痛苦延长。
天主教的英雄们，身子一动也不动地忍受着这种恐怖的痛苦，只有年轻的玛利亚受不了痛苦而仆倒在地。官吏看到了叫着「弃教了！弃教了！」他们把少女抬到小屋里，准备翌日送回长崎。玛利亚拒绝回去，坚决表明自己并未弃教，要和母亲和其他的人一起接受拷问，但是官吏不从。
其余六人继续留置山上，度过三十日。其间，安东尼欧、方济两神父和贝亚特丽吉各受到六次热水的拷问。比仙提神父四次，巴尔特洛美神父和卡布列耶鲁神父各两次；他们连哼一声都没有。
安东尼欧神父和方济•贝亚特丽吉所受的拷问时间比其他人都长；尤其是贝亚特丽吉，虽然身为女性，但是在各种刑罚加身、劝告时，都表现出巾帼不让须眉的勇气。因此，除了尝到浇热水的痛苦之外，还遭受各种刑罚，被迫长时间站在小石头上挨人辱骂。然而，官吏们越是愤怒，她越表现出大无畏的精神。
其余的人由于身体孱弱又有病在身，并未遭到太大的折磨。采女本无杀他们之意，只是希望他们弃教罢了；还特别派了一位医生到山上来替他们疗伤。
最后采女觉悟到无论采取任何手段，自己是赢不了的。部下反而向他报告：从神父们的勇气和力量来看，恐怕在他们还没来得及改变心意之前，云仙的所有泉水和池水已先告罄。
于是，他决定把神父们送回长崎。一月五日，采女把贝亚特丽吉•达•柯丝达收容在某来历可疑者的家里，并把五名神父关入城内的监狱。他们目前还在该监狱里。我们神圣的宗教终于粉碎了暴君采女先前的计划、期待，不但赢得大众的赞仰，更增加了信徒们的勇气；战绩显赫。
罗马教会相信写这样的信的费雷拉教父，即使受到任何的拷问，也不会放弃神和教会而向异教徒屈服的。
一六三五年，以罗比诺神父为主，有四名司祭在罗马聚会。他们为了洗刷费雷拉教父弃教的耻辱，计划无论如何也要偷渡到日本那天主教遭受到迫害的国度里偷偷传教。
这种有勇无谋的计书，教会当局一开始就不赞成。以上司的立场，对他们的热忱和传教精神表示赞赏；可是，要把司祭们送到极为危险的异教徒国家，却不表赞同。不过，从另一方面来看，自从圣方济•萨比耶尔之后，天主教在东方的日本已播下最佳种子，如果因为失去了领导者而使信徒逐渐减少，这也是值得重视的。不仅如此，从当时的欧洲人眼中看来，费雷拉教父在世界尽头的一个蕞尔小国被迫弃教，这件事实不只是他个人的挫折，同时也是整个欧洲信仰、思想的耻辱和失败。在这种强烈意识下，经过几番波折，最后还是准许罗比诺神父和四名司祭渡日。
另外，葡萄牙方面也有三名年轻司祭依不同的理由计划偷渡赴日。他们是从前费雷拉教父在卡姆波里特左修道院教书时的神学生－－佛朗西斯•卡尔倍、赫安提•圣•马太和薛巴斯强•洛特-加龙省里哥等三人。他们可以接受恩师费雷拉已光荣殉教的说法，但是他们无论如何都不能相信恩师会像狗一样屈服在异教徒面前。其实这并不只是三名年轻人的共同看法而已，也是所有葡萄牙神职人员的一致心情。三人准备亲自到日本调查事实的真相。这里的情形也跟意大利方面差不多，最初上司也不答应，后来被他们的热诚所感动，最后允许他们到日本作危险的传教活动。这是一六三七年的事。
三名年轻司祭马上准备作长途旅行。当时葡萄牙传教士要到东方来，通常都先搭乘从里斯本开往印度的印度舰队。那时印度舰队的启航是里斯本市最热闹的活动之一。在三人印象中地球尽头的东方，而且是最边缘的日本，现在形态鲜明地浮现在眼前。翻阅地图时，非洲的对面是葡萄牙、印度，印度前面有众多的岛屿和亚洲的国家分布着；而日本的形状活像一条幼虫，在东边爬行。要摸索到那里，必须先到印度的卧亚，然后渡过许多大海、历经长期的岁月才能抵达。卧亚，自从圣方济•萨比耶尔之后，已成为东方传教的踏脚石。在这里的两所圣保禄神学院有从东方各地前来留学的神学生；同时这里也是发愿一辈子都为主服务的欧洲司祭了解各国情况，和为了搭船前往各国需要等候一年半载的候船处。
他们三人尽一切可能去了解日本，幸好路易•佛洛以斯之后，已有许多葡萄牙传教士从日本送回情报。据说新的将军德川家光所采取的弹压政策，比起祖父和父亲时代更为严苛。尤其是长崎地方，自从一六二九年任长崎奉行的竹中采女暴虐残酷，常用严刑加诸信徒身上，把滚烫的温泉淋到囚犯身上，强迫弃教；有时候一天的牺牲人数不下六、七十人。费雷拉教父本身也曾经把这情形向祖国报告，所以传说中的应该是事实。总之，他们一开始觉悟到在长途而艰辛的旅途结束之后，等待着他们的是比旅途更为严厉、无情的命运。
薛巴斯强•洛特-加龙省里哥在一六一O年，出生于以矿山闻名的达斯可城，十七岁入修道院。赫安提•圣•马太和佛朗西斯•卡尔倍出生于里斯本。两人与洛特-加龙省里哥一起在卡姆波里特左修道院受教育。他们三人在神学院时，读书、生活都在一块儿，对教授自己神学的费雷拉教父记忆犹新。
洛特-加龙省里哥们猜想：费雷拉老师现在一定还活在日本的某个地方。有着碧蓝而清澄的眼睛，充满着慈祥光辉的费雷拉老师的脸，受到日本人的拷刑之后会变成什么样子呢？他们无论如何想象不出受屈辱而扭曲的脸是什么样子？他们不相信费雷拉老师会抛弃神、抛弃他的慈祥。洛特-加龙省里哥和他的同伴无论如何要到日本，探查老师是生或死。
一六三八年三月十五日，三人搭乘的印度舰队，在贝列姆要塞的大炮祝贺下，从泰约河口出发。他们接受了约翰•达西哥主教的祝福之后，就上了司令官搭乘的「圣•依沙贝尔号」舰。舰队驶出黄色的河口，在蓝色的大海航行时已是正午时分。他们靠着甲板，眺望着闪亮着金光的海角和山峦，以及农家的红墙和教会。欢送舰队的教会钟声，随风飘送到甲板上来。
当时，要到东印度就必须绕到非洲的南端。这支舰队在出发的第三天于非洲西岸遇到大暴风雨。
四月二日，舰队抵达波尔多•珊特岛；不久过马迭纳岛，六日抵达加纳利亚诸岛之后，雨下个不停又碰到无风状态。后来，被潮流从北纬三度线冲回五度，撞到几内亚海岸。
无风时，酷暑难耐；再加上各船均有多人生病，「圣•依莎贝尔号」的船员躺在甲板和床上呻吟的病人也已逾百人。洛特-加龙省里哥和船员忙着看护病人，帮他们放血。
七月二十五日，圣雅各布节日，船好下容易才绕过好望角。绕过好望角的那天，又遇到暴风来袭。船的主帆断裂，掉到甲板上发出巨大声响。病人和洛特-加龙省里哥他们都加入抢救的行列，当他们准备抢救前部帆时，船触礁了。幸好有别船舰马上来救援，否则「圣•依莎贝尔号」或许就这样沈入海底呢！
暴风雨来袭之后，又碰到无风状态。主帆无力地下垂，只有黑影落在躺于甲板上如死人般的病人脸和身上。海面上每天闪铄着燠热的亮光，看不到微波荡漾。船航行的日期愈长，食粮和水分愈缺乏。到达目的地卧亚时已是十月九日。
他们在卧亚所得到的有关日本的情报，比在祖国时更为详细。据说：就在他们三人出发的那年一月起，有三万五千名日本的天王教徒起义，以岛原为中心和幕府军苦战的结果，不分男女老幼全都被杀个精光。这次战争结束后，当地变成杳无人迹的荒地，残存的天主教徒也被像打虱子般消灭净尽了。不仅如此，对洛特-加龙省里哥神父们打击最大的消息是，由于这次的战争，日本已和葡萄牙全面断绝通商和贸易，更禁止葡萄牙船入境。
三名司祭知道祖国的船只不能开往日本之后，怀着绝望的心情来到澳门。这个城市是葡萄牙在极东的根据地，同时也是日本和中国贸易的基地。他们抱着几许侥幸的期待来到这里，但很快就受到巡察师威利也诺神父严厉的警告。神父说在日本传教根本不可能，而且澳门的传教会也不打算利用危险的方法送传教士到日本。
这位神父十年前就在澳门成立传教学院，培养传教士到日本和中国传教。自从日本禁教之后，也委托他代为管理在日本的耶稣会。
威利也诺神父对三人登陆日本后要寻找的费雷拉教父的说明如下：「自从一六三三年之后，潜伏在日本的传教士的音信就完全断绝了；听从长崎回到澳门的荷兰船员说，费雷拉教父已被捕，在长崎遭受到『穴吊』的拷刑。由于那艘荷兰船在费雷拉教父遭受到『穴吊』拷刑的那天启航，因此以后的事就不得而知了。在当地打听到的是：由新上任的宗教负责人井上筑后守(译注：筑后位于现福冈县南部，守意为地方长官。)审问费雷拉教父。」威利也诺神父坦率指出：在这种情况下，以澳门传教会的立场无法同意他们到日本传教的。
现在，我们还可以从葡萄牙「海外领土史研究所」所藏的文书中，看到几封洛特-加龙省里哥书函。他的第一封书信如上述，是从他跟两个同事从威利也诺神父处听来的有关日本的情势开始写起的。